2029年3月某日，某國大使館遭到一群經大規模義體改造的武裝分子的入侵，眾多外國使節及其同儕眷屬淪為人質，事態十萬火急。草薙素子（坂本真綾配音）召集巴特（松田健一郎配音）,陀古薩（新垣樽助配音）等得力屬下，並制定了周密的營救計劃。誰知當一切都按部就班進行之時，意外突然發生。與此同時，距離大使館不遠的一座摩天大樓內，日本首相遭到密碼箱炸彈的暗殺，素子之前的上司陸軍501機關的機關長庫露茲（淺野麻由美飾）也在爆炸中喪生。經過縝密追查，素子等人發現一種能夠篡改記憶的病毒正在網絡蔓延，而她的身世居然和一連串的事件有著密切聯繫。危機當前，陰謀悄然復出水面……
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