未來世界，軍方研制強化戰士作戰能力的藥劑，卻弄巧成拙導致大量民眾沾染失敗的實驗制劑，並由此誕生了身體異於常人的生化人群體。軍方興建了龐大的隔離建築，同時研發出對付生化人的最終武器，於是生化人組織派出女戰士紫羅蘭（Milla Jovovich 飾）潛入軍方內部，用暴力方式將最終武器搶奪。紫羅蘭難耐好奇，於路將最終武器包裝打開之後發現裡面居然是一名男童（Cameron Bright 飾），原來男童擁有可以消滅生化人的血液抗原，紫羅蘭認為血液抗原亦可使生化人返回人類形態，不滿組織的粗暴解決方式遂決意背叛，攜自稱“6號”的男童踏上了躲避軍方和生化人組織的亡命之旅。而男童的背後，還有更大的秘密尚未揭開。
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