故事開始於墓地，Horatio Caine正在教堂向神父告解，外面傳了一陣槍聲...雖然破案，但也為季末做了鋪墊。 本季加入了CSIer的一些故事，Eric Delko被牽涉到大麻事件中去，遭到了內務部的調查。Ryan Wolfe一次調查中被針子射傷了眼睛，影響了視力。Horatio Caine因為Eric的事情認識了他的姐姐Mari，最後還結為夫妻。而這一季的主線是實驗室裡出現了內奸，誰是內奸也搞得實驗室裡人心惶惶，而這內奸會在第25集裡出現。 另外第25集也給下一季做了一個鋪墊，因為第1集出現的黑幫向Horatio報仇，射殺了他的妻子，而因為FBI的介入，黑幫份子被押到了巴西，Horatio和Eric為了將他繩之於法，決定也隨去。
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