自風都塔建立30年以來，風都的和平持續了相當長一段時間。但是就在這個夏天，這座平靜的城市再起波瀾。一群本應死亡的Dopont突然出現在街頭，對周遭進行大肆破壞。左翔太郎和菲利浦合體變身為假面騎士W，風都警署警官照井龍則化身假面騎士阿克塞爾，與入侵的Dopont進行殊死搏鬥。在國際特務調查機關員瑪麗亞·S·克蘭貝蒂的協助下，正義戰士們擊退了入侵者，卻發現他們原本都是佩戴了蓋亞記憶體的普通市民。從瑪麗亞的口中得知，國際重犯大道克己及其邪惡組織“Never”的成員們劫持了編號A~Z的26個蓋亞記憶體，他們的陰謀是占領風都。 一場激烈的正邪戰爭即將展開……
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