本劇場版緊接TV版第27話。在27話良太郎一行人為了追蹤異魔神而回到過去，但他們卻不知道自己已經落入了牙王的圈套。當良太郎等人消滅完異魔神並想回到Den-Liner的時侯，卻發現Den-Liner已經被牙王劫持……
眾人被逼留在過去，最壞的情況是良太郎失去了成為電王的所有記憶，桃泰諾斯也因此不能附上良太郎的身體。在機緣巧合下，良太郎遇到10歲時的良太郎（劇中用“小太郎”代替）和異魔神齊格，並且在櫻井的幫助下，開始了追蹤Den-Liner之旅。
另一方面，回到江戶時代的牙王成功奪得神之列車Gao-Liner，且抓住了追蹤到來的良太郎，並坐著Gao-Liner回到1988年12月26日。
在1988年，良太郎恢復了記憶，但被牙王阻撓而不能變身。正當此時，櫻井帶同救兵出現，救兵則是三個不同時間的良太郎。於是，四個不同形態的電王同時出現，最Climax的戰鬥即將展開……
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