1988年7月，關東地區使用新型炸彈進行爆破，第三次世界大戰即刻爆發。31年後，人類從一片廢墟中重建都市，東京灣上建立了巨大城市——新東京。世界仿佛要恢復到以前的繁榮。
2019年的一個夜晚，新東京郊外的封閉高速公路上，暴走族團體正在公路上飆車。帶頭的少年，是一名叫做金田的職業高中學生。
突然，街上出現了一位奇怪的矮個子男子，暴走族少年鐵雄為躲避車禍連人帶車飛出公路。正當金田要拿那位男子問罪之時，軍隊駕駛直升飛機感到。將那位矮個男子與鐵雄一起收押。
鐵雄進入了一個陌生的地方，這裡似乎在從事超能力的研究。而金田則在盤算如何營救鐵雄。二人都不知道，他們的未來，因為神秘力量——阿基拉而已經開始了巨大的變化。
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