2031年，由於作為次世代能量裝置而開發的“量子反應堆”的暴走事故，世界劇變。突然從地下蔓延的閃光，吞噬都市樓群、覆蓋大地，最終，超越、融合了生物、機械、植物的未知特異進化生物“B.R.A.I”出現了。7年後，翔龍重生為絕對防衛都市“新翔龍”。它以驚人的速度完成進化，並成為與陷人類於滅亡危機的B.R.A.I相對抗的人類最後的希望要塞。被命運所引導而集合在新翔龍的雷昂、可依、坤靈、道格。將他們迎入防衛軍的塞西爾、凱恩、傑、格倫。於是，賭上人類存亡而戰的特殊部隊“潘多拉”誕生了。契約之時，希望被托付給了他們——
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