延續前一集的劇情，獅子亞歷克斯（本·斯蒂勒 Ben Stiller 配音）、斑馬馬蒂（克裡斯·洛克 Chris Rock 配音）、長頸鹿邁爾曼（大衛·休默 David Schwimmer 配音）、河馬格洛裡亞（賈達·萍克·史密斯 Jada Pinkett Smith 配音）以及企鵝們，為了能離開馬達加斯加島回到五光十色的紐約，對一架破舊的失事飛機進行維修改造，並成功起飛。當大家已經開始慶祝終於可以回到紐約時，飛機卻意外降落，迫降到了非洲大草原上。在這兒，獅子亞歷克斯終於見到了它的父母。但是由於生活習性上太多不一樣，而且言行舉止各異，使得這群紐約來的動物們顯得格格不入。這群昔日紐約中央公園的動物明星們，在這野外艱難的環境中應該怎麼辦？雖然在這兒遇見了自己的同類，但因為習性不同，使得自己無法完全融入他們的群體。為了能融入環境，與同類們建立良好的關係，大家都是施展各種招式，笑料百出。
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