因思念已故的母親，觸犯煉金術中被視為最大禁忌“人體煉成”，而失去一切的兄弟──裝上機械鎧、有“鋼之煉金術師”之稱號的哥哥愛德華·艾爾利克，以及失去肉體、靈魂被固定於鎧甲的弟弟阿爾馮斯·艾爾利克──兩人為取回失去的東西，踏上了尋找賢者之石的旅程。隨著他們越來越接近賢者之石的真相、巨大的陰謀也逐漸露出水面。軍事國家亞美斯多利斯背後的黑暗，暗地活躍的人造人，受虐民眾的憎恨與復仇的怨念，煉金術帶來的種種悲劇……散落於各點的故事終將連接成線，人民、甚至國家都被卷入其中。艾爾利克兄弟處於絕望和希望的狹縫之中，即使如此，他們仍選擇繼續前進
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