公元2195年，謎一般的兵器群“木星蜥蜴”突然出現，並以壓倒性的戰鬥力占領了火星的殖民地以及月球的背面。地球的各地均有被稱為“鬱金香”的母艦降落。與此同時，民間企業ネルガル重工NERGAL完成了實驗戰艦ND-001ナデシコNadesico的建設。即使是對著木星蜥蜴的兵器，裝備在撫子號上的兵器依然具有技術上的優勢，包括扭曲力場 (Distortion Field) 防護罩以及重力波炮，使得撫子號成為了當時唯一能與木星蜥蜴抗衡的戰艦。在人員的任命上，由於采取了“能力一流，不問性格”的選拔方針，結果使得整艘艦的工作人員都是些有點“特殊性格”的人。火星出生的主角天河明人，在一次偶然的機會遇見了兒時玩伴禦統百合香。想再次與百合香相會的明人，一直跟在她的後面，並意外地登..
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