1995年，神隱島800多餘名島民一夜之間全部神秘死亡，只有一名少女存活，她即是本作的主角若竹瑪麗四年後，16歲的若竹瑪麗離開了祖母進入私立寄宿制女子高中－－海凰學園，在去學校的途中，她看到了一位佇立在鴿群中的少女－－千光寺萩乃。萩乃在學校裡是人人憧憬的學校幹部，可是在瑪麗的碰觸下荻乃卻突然暴走……其實，荻乃的另一身份是潛入地球人中進行調查的外星人地球調查艦隊第五艦的艦長，而95年發生的神隱島事件正是由萩乃的戰艦發生事故造成。因為戰艦在事故中嚴重毀壞，荻乃留在了地球，同時潛入人類社會繼續調查。可是事情遠不止於此，瑪麗的出現推動了整個故事的進程……一場百合大戰即將在海凰學園展開。
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