2031年，“翔龍危機”發生當日，劉雷昂身處事故的中心地點。量子反應堆——為替代日漸枯竭的環境資源而研究開發的下一代能源裝置突然失控，世界環境為之激變。人類以外的生物、機械等都出現了獨特的進化現象，誕生了特異進化生物“B.R.A.I”。就是它們，一步步將人類逼到了滅絕的邊緣。“翔龍危機”過後七年，雷昂住在絕對防衛都市新翔龍市外圍的荒野，在與定下“家族契約”的劉可依一起生活的同時，為了對抗B.R.A.I而進行著獨立的研究。在成功抵禦B.R.A.I後，與人類幸存者組成“潘多拉”特別行動隊，以星球上僅存的幾處『絕對防禦城市』為核心發起反攻，一場關乎人類生存的拉鋸戰波瀾壯闊地展開…
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