時代設定在距離前作約20年後的西歷2220年，大和號已經沉入了深海17年。但此時對人類來說最寶貴的地球卻受到了前所未有的大危機，它將在半年後被不斷向地球移動的黑洞卷入。這個黑洞有著300倍於太陽的質量，它巨大的重力影響下，連光線都能完全吸入，並迅速地向地球逼近。受此威脅，3億地球人決定移民到距地球二萬七千光年的星球。由地球聯邦組織移民船隊，準備搬到跑地球2萬7千光年的恒星系阿瑪爾居住。但卻受到神秘的大艦隊的攻擊。導致第一次和第二次的船隊都遭到毀滅。於是，古代進作為第三次移民團的護衛艦司令，乘坐著從冰冷的海水中浮出的大和號再度起航。但是在遙遠宇宙的彼方，為了阻止地球人的移民計劃，星際國家聯合的SUS艦隊正伏擊在前方…
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