為了成為合格的神奇寶貝訓練師，小智（松本梨香 配音）、天桐（宮野真 配音）、艾莉絲（悠木碧 配音）帶著各自的小夥伴繼續修業之旅。這次他們來到了美麗的山中小鎮艾茵多奧克參加神奇寶貝的比賽，並在此遇到了傳說中擁有神奇力量的神奇寶貝比克提尼（水樹奈奈 配音）。早在一千多年前，艾茵多奧克所在的土地上有一個美麗富饒的大地之鄉，可是兩個王子分別帶著黑龍傑克羅姆（高橋英樹 配音）和白龍雷西拉姆（谷原章介 配音）發生爭鬥，令國家崩潰在即。老國王借助比克提尼的力量暫時穩定住了龍脈，而大地之鄉則從此凋零。作為大地之鄉的後裔，德雷多（つるの剛士 配音）找到了被封印的傑克羅姆，於是決定重建失落已久的故土…
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