人理續存保障機構·迦勒底，對於僅憑魔術無法看見的世界，僅憑科學無法計算的世界進行觀測，為了讓已被證明會滅亡於2017年的人類史存續下去，日夜持續著活動。人類滅亡的原因，是在歷史上數個地點突然出現的“無法觀測領域”——“特異點”。迦勒底唯一殘存的禦主·藤丸立香，與亞從者瑪修·基列萊特一同介入這些特異點的事象，從而執行將其解明或破壞的禁斷儀式——“聖杯探索 Grand Order”。這一次新發現的是第七個特異點——紀元前2655年的古代美索不達米亞。 由結束了不老不死靈草的探索的“天之楔·賢王吉爾伽美什”所統治，以繁榮而自豪的烏魯克之地，在三柱女神及眾多魔獸的蹂躪下面臨滅亡的危機。 以及，通過前往過去的時間旅行——“靈子轉移”而到達烏魯克之地的藤..
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