在第二次新吉翁戰爭、別名‘逆襲的夏亞’終結後，地球圈取得了短暫的和平這之後3年，宇宙世紀0096年。在工業殖民地“工業7號”上進行了一項秘密交涉。和地球聯邦政府有秘密協議，並依此發展的‘畢斯特財團’打算將過去用以威脅聯邦的最高機密“拉普拉斯之盒”交給新吉翁的殘黨軍“袖章”。另一方面，在亞納海姆工業專門學校就讀的少年巴納吉·林克斯遇見了自稱為奧黛麗·伯恩的少女。奧黛麗為了制止新的戰爭爆發，必須阻止“拉普拉斯之盒”的交易。巴納吉在數次幫助奧黛麗之後，逐漸被她所吸引。隨後，地球聯邦察覺了這起交易，並進行軍事介入，工業殖民地隨即化為一片火海。一場圍繞‘拉普拉斯之盒’的戰爭開始了。
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