有著大棵萬葉櫻的本丸，正處於白雪覆蓋之際── 刀劍男士大和守安定和加洲清光回想起，自稱名刀‧山姥切本歌的山姥切長義，因時之政府的命令，而被派遣到他們本丸的往事。山姥切長義對自身的仿作山姥切國廣擺出挑釁的態度，而山姥切國廣亦對他抱持複雜的情緒。加洲清光察覺到他們的心結，希望可以幫忙解開。而看出加洲心意的大和守安定，向他提出一個建議。 另一方面，本丸突然接到一個特命調查的出征要請，前往幕府末期文久三年的土佐，調查「歷史改變後被棄置的世界」。身為坂本龍馬佩刀的陸奧守吉行擔任隊長，與四位刀劍男士一同出征，然而該處與他所認知的土佐完全不一樣。他們與另外兩位刀劍男士——肥前忠廣和南海太郎朝尊會合，四處奔走以找出改變歷史的主謀！
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