自那之後已經過去了5年。 Amazon幾乎被驅除，世界趨於和平。但是被Amazon細胞感染的普通人Amazon化的現像在持續發生擴大，為此政府組成了新組織4C，秘密驅除Amazon化的人類。
其中，幼年時期被Amazon養大的少年·千翼變身假面騎士Amazon Neo與Amazon戰鬥。但在被生來的吃人衝動所驅使的他的面前出現的是，變身為烏鴉Amazon並作為生物兵器戰鬥的少女·優。對於這樣的優，他第一次沒有產生“想吃”的想，並被她吸引著。而優的真面目是被Amazon化的父親殺死後，作為Sigma型而復活的Amazon。
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