故事的舞臺是互聯網系統發達的都市「DEN CITY」在那裡有經由巨型企業「SOL技術社」通過高度的網絡技術構築而成的被稱為「LINK VRAINS」的VR空間人們都在那個VR空間中為體驗到全新的決鬥而狂熱可是在「LINK VRAINS」中卻出現了利用決鬥來進行黑客行為的謎之黑客集團「海諾因騎士團」而他們的目標是將存在於互聯網的某處的“AI們的世界=電子界”毀滅然而在世界受到這樣的威脅時有名決鬥者站了出來而他的名字正是「Playmaker」在那場傳奇的戰鬥中「Playmaker」使用壓倒性的決鬥將「海諾因騎士團」打倒成功捕獲了「SOL技術社」和「海諾因騎士團」都想要得手的迷之AI程序度拯救了世界然後卻突然消聲匿跡了而他的名字就在互聯網的世界中瞬間變得聲名遠播成為了傳說而現在作為「Playmaker」的正體的某位高中生藤木遊作為了尋找過去發生的某件事件的真相對再次在「VRAINS」出現的「海諾因騎士團」展開了追擊...... 以此為契機命運的齒輪就此轉動迷之AI的真身「海諾因騎士團」盯上「Link Vrains」的目的以及隱藏在遊作過去的真相到底是———所有的答案都在「Link Vrains」中
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