本片講述的是蝙蝠俠（羅傑·克雷格·史密斯 配音）以及羅賓聯合正義聯盟成員閃電俠以及綠箭俠一起對抗被稱為Animilitia的犯罪組織。該犯罪組織都是由一些動物性的成員組成，包括銀背大猩猩、獵豹女、殺手鱷魚等，他們在高譚市作惡多端，一般警察對他們束手無策。而且該組織背後的主謀卻指向蝙蝠俠的宿敵，同時也是高譚市叱吒風雲的黑道大亨企鵝人（Dana Snyder 配音）。除了Animilitia組織，蝙蝠俠他們這次還要面對奧斯瓦德公司的商人新發明的邪惡網絡動物機器人，一群犯罪惡勢力再次聚集在高譚市。
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