悲傷的愛德華和阿爾馮斯兩兄弟，試圖利用煉金術中最大的禁忌——人體煉成術救活撒手人寰的母親，誰知卻遭遇巨大的災難。失去身體的阿爾馮斯，其靈魂被封禁在鎧甲中，愛德華則以自己的右臂和左腳為代價，迫使弟弟止步冥國門前。許多年後，愛德華（山田涼介 飾）成長為這個國家中最年輕的鋼之煉金術師，他與弟弟（水石亞飛夢 配音）上下一心，共同奔跑在尋找賢者之石的道路上。與此同時，神秘的人造人拉絲特（松雪泰子 飾）、恩維（本鄉奏多 飾）盤桓這個國家的角落，她們策劃者恐怖的勾當，一時間上空陰雲密布…… 本片根據荒川弘的原作漫畫改編。
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