《幕後真兇》是一部以緝毒警察為題材的案件懸疑劇，劇情跨越了20多年，講述了兩代緝毒警察的故事。
三十多年前，在松江土地上發生了一起生物製劑非法出境案，隨著此案的發生，緝毒刑警計春生失踪，臥底警察楚江河生死不明，而作為案件核心的CH型生物試劑不翼而飛，此案成了一樁懸案。
而就在二十多年後的現在，當年的緝毒支隊成員高平率領著楚江河的兒子楚白以及一眾幹警勢要查清當年的真相，化工廣場大爆炸、四名被綁架的孩子、同一時間互相殺人的死者、摩天輪焚屍等一系列奇案的發生讓真相逐漸浮出水面，但隨著接近真相，一直藏在暗中的那雙手使這樁跨越二十餘年的大案更加撲朔迷離起來，隨著刑警米樂兒的失踪，眾人這才意識到，藏在黑暗背後的那雙手，竟然是“他”！最終，這個塵封20年的大案終於偵破，而背後的真正元兇卻是誰也未曾猜想到的。
可無論如何，楚白完成了自己的夢想，為當年臥底的父親正名，...
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