明朝熹宗年間，宦官魏忠賢心懷叵測，圖謀陷害忠良。東林黨人顧憲成等義士心系國家，欲將“羊皮密卷”呈交熹宗，但未能如願。在此期間，諸多忠良遭到魏忠賢的殘害，唯有顧憲成的小女兒小雲，帶著“羊皮密卷”，勇敢地逃往山野，尋求庇護。小雲來到錢家尋求庇護，然而錢員外貪婪欲利，想向東廠告密。幸好，小雲得到了幼女玲玲和小胖的幫助，逃出生天。一位神秘的道士名為“不知道人”飛身將小雲救走，並奪回了被錢員外奪取的“羊皮密卷”，將小雲藏匿在一廢棄的廟宇中。 在廟中，小雲結識了一名小乞丐石頭，並與他一同混跡市井，尋找其他忠良後代。他們在旅途中結識了頑童小豆子和鼻涕蟲。在困境中，一位野道士通過“飛葉傳書”秘密引導他們前往少林寺尋求庇護。抵達寺門前，他們與另一名忠良遺孤高天鵬相遇。少林寺慈悲收留這些孩子，並交給青草大師帶領。一天，小云隨至善出外學習劍法，卻被魏忠賢的手下認出，並陷入了激戰。幸得神秘道士相助，擊退了殺手。消息傳來，魏忠賢下令圍攻少林寺。青草大師和至善護送孩子們離開寺廟，而寺廟的方丈被捕作人質。為了解救方丈，小雲私下下山，卻陷入了重重圍困之中。在生死關頭，道士、笑痴僧、青青和苗苗等人趕來相助。然而，道士不幸戰死，而小雲也中了毒箭，最終跌入井中殞命。
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