故事發生在日本的江戶時代，一名神秘的男子出現在了武士桂小太郎（石田彰配音）的面前，他手握妖刀“紅櫻”，要求試刀，這個夜晚之後，桂便下落不明。桂的寵物伊麗莎白（高松信司配音）找到萬事屋的神樂（釘宮理惠配音）和新八（坂口大助配音），委托他們尋找主人的下落。同時，銀時（杉田智和）也受到委托，尋找四處作惡的紅櫻的下落。三人的線索匯聚到了一艘空中飛艇上，由於遠離警察的管轄范圍，飛艇裡的惡勢力一手遮天。在那裡，銀時遇見了曾經的戰友現在的對手高杉晉助（子安武人配音），高杉正帶領著自己的鬼兵隊企圖毀滅江戶。一面是窮兇極惡的恐怖分子，一邊是暴虐嗜血的妖刀紅櫻，身受重傷的銀時能夠平安脫險拯救江戶嗎？
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