第二季的故事緊接著第一季，在Finch（邁克爾·愛默生MichaelEmerson飾）被神秘的Root小姐綁架以後，“西裝男”JohnReese（詹姆斯·卡維澤JamesCaviezel飾）隻得求助於他在紐約警局兇殺科的偵探朋友們Carter（塔拉吉·P·漢森TarajiP.Henson飾）以及Fusco（凱文·查普曼KevinChapman飾）的幫助，經過縝密調查，終於將Finch救出，卻被Root逃脫。看似恢復如初的生活，其實暗藏危機。除了，一心想要把Finch的程序公開化的Root以外，他們還要找出HR真正的幕後黑手。另一方面，聯邦調查局和中央情報局都在不遺餘力地想要找出John。隻要機器存在一天，這個城市仿佛從來不讓他們休息......
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