琴（法米克·詹森 Famke Janssen 飾）的死亡在X戰警中造成了持續的影響，斯科特和金剛狼羅根（休•傑克曼 Hugh Jackman 飾）恍然若失。學院的教學任務落在了風暴女（哈莉•貝瑞 Halle Berry 飾）和金剛狼等人的肩上，異種人在這裡才能得到身份的認同。某公司從一名異種人兒童的基因中提取出了還原變異的X基因的“解藥”，可以令異種人的身體與常人無異，解藥的問世在異種人中引起了強烈反響，萬磁王（伊安•麥克萊恩 Ian McKellen 飾）四處聯繫不願改變體質的異種人，試圖用暴力反抗人類社會的不公平待遇。金剛狼等人發現琴並未死去，而且她被喚醒的第二重人格擁有極為強大的力量，X教授（帕特裡克•斯圖爾特 Patrick Stewart 飾）和萬磁王各自爭取琴，她成為了改變異種人世界的關鍵人物…
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