《神秘失蹤的船》講述了解放戰爭時期，宋慶齡通過海外華僑將一大批軍需藥品秘密運往國內，然而船行至東海突然失蹤。我黨中央立即派人查找，國民黨也出動海、陸、空軍前往搜杏。原來藥品船被舟山群島海盜司令方大雨劫持。海盜們不知箱中是何物，方大雨欲請戀人海曼的父親弄清這批貨。當他趕到魚鄉小鎮，發現海曼的父親慘遭地方女匪首王八妹的毒手致傷，海曼也被綁架。方大雨將自己兒子托付法華寺方丈，隻身回到島嶼。我黨特派員魯平化裝成郎中，走街串巷打昕失蹤船隻的下落．不幸落入匪手。偵察員小郭巧妙地救出魯半和海曼一同找方大雨。狡詐的王八妹派人暗中跟蹤。萬大雨感謝魯平他們救了海曼，卻始終不提歸還藥品的事。尾隨而來的王八妹與國民黨官員朱天龍對方大雨軟硬兼施，欲奪藥品，騎虎難下的方大雨隻好趁黑夜率眾離島。老謀深算的朱天龍料定方大雨會攜子而逃，於是在法華寺設下伏兵將方大雨擒獲，欲將他慢慢沉入海底。
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