毫無征兆的一天，日本東京灣突然冒出大量水蒸氣，與之相伴海底隧道則發生崩塌事故。政府方面迅速召開緊急會議，商討原因與對策，其中內閣官房副長官矢口蘭堂（長谷川博己 飾）獨辟蹊徑，懷疑和某種未知生物有關，卻反遭同儕嘲笑。結果事實勝於雄辯，不久後巨大的怪物登陸，對城區展開大肆破壞。在這一過程中，它以詭異的速度進化，隨後又突然止步，返回大海。利用短暫的間隙，矢口作為主導成立了“巨大不明生物災害對策本部”，網羅了數名公務員中的異類加盟。漸漸地他們弄清了怪物的生物構造和產生原因。當被命名為“哥斯拉”的怪物再度登陸，一場都市保衛戰正式打響……
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