公元2067年，以銀河系邊境的星系為中心，喪失自我而狂暴化、極盡破壞之能事的“Var”症候群，正在逐漸擴大。察覺事態嚴重性的星間復合企業體，為了將這一症狀鎮靜化，將少女們的“戰術音樂組合Walküre”與執行共同作戰的“Valkyrie部隊”編成到一起。 另一方面，“風之王國”的被稱作“空中騎士團”的“謎之Valkyrie部隊”開始行動。在“原始文明的遺產”之謎的交錯當中，超越星系的熱切戀情與友情的物語開幕。 《超時空要塞》新作動畫《超時空要塞Δ》製作的消息於2014年10月發表。2015年9月正式確定標題，同年10月29日舉辦了製作發表會，12月31日放送特別節目。
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