宇宙世紀0096年、ラプラスの箱＝宇宙世紀憲章をめぐる事件後から數か月が過ぎたころ 地球連邦軍は地球圏外に漂う、分斷されたアクシズに調査団を派遣させる。 調査団のメンバーには、アルレット・アルマージュとダントン・ハイレッグという二人の民間人も參加していた。 彼らはかつて技術者とテストパイロットとして、ジオン公國軍、そしてネオ・ジオンに仕官していたという過去があったのだ。 アクシズに潛入した調査団は、誰もいないはずの基地內で強襲を受ける。 そしてアルレットとダントンは、想像もしていなかった出來事に遭遇するのだった…。
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