1998年香港近海，赤柬出身的一夥恐怖分子從北韓雇傭軍手中奪走了擁有巨大殺傷力的生化武器。雙方激戰中赤柬成員多特（吳彥祖 飾）受傷失憶，香港警方將其收治。反恐怖組織指揮官馬力（周華健 飾）接手此案，將多特身上的磁盤文件破解後始得知赤柬頭目食客（甘國亮 飾）和關艾（何超儀 飾）將生化武器奪走後，計劃將其射入天空形成劇毒的紫雨，屆時香港將變為一座死城。馬力與心理專家Shirley（陳沖 飾）合作，使失憶的多特認為自己是警方安插在食客身邊的臥底。食客威逼警方交出多特，雙方激戰後食客成功將多特帶走，失憶的多特重新得到了食客的信任並試圖履行自己臥底的任務，然而漸漸恢復的記憶令多特左右為難……
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