《黑狼行動之迷你俠》主要圍繞主人公阿強(張強飾)的勵志故事展開。據說阿強出生時，小山村上空電閃雷鳴，這賦予了阿強能放電的超能力，也因此阿強的身高永遠維持在不足一米的高度。八歲的阿強在藝校裡結緣阿娟(歐宇寧飾)，兩人相依練舞不離不棄。然而美好的時光總是短暫的，這對青梅竹馬也在阿強進城發展後分別。
不料阿強所在的劇組慘遭黑狼(時曉飛飾)設計破產，阿強開始了顛沛流離的生活，而就在一次逃命中，阿強被偽裝成道具師的特警教官三哥(張瓊飾)搭救並收留。另一邊，長大後的阿娟成了一名警察，奉命潛入黑狼身邊尋找犯罪證據和病毒芯片。阿強和阿娟在黑狼投資的電影的片場相遇，陰差陽錯之下，儲存著製作變異病毒方程式的芯片落在了不知情的阿強的口袋裡……阿娟和三哥的身份被黑狼識破，黑狼綁架了阿娟逼三哥交出病毒芯片，醫學博士已成功研發出初代病毒，重重危機令三人陷入絕境……
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