就快放暑假了，小學生上原康一在放學回家的路上撿到一塊大石頭。他把石頭帶回了家，沒想到用水一洗，裡面竟跳出一隻小河童來。小河童對他“咕”的叫了一聲，於是康一就給它取名為“小咕”。
小咕會說人類的語言，幾百年來他一直被埋在在地下。康一很快就和小咕成了好朋友，他們一起洗澡，一起吃飯，一起睡覺。而其它家庭成員也接受了小咕，小河童成了上原一家的秘密。
一天，小咕提出想回家和夥伴們在一起。康一為了讓小咕了解外面的世界，悄悄把它帶了出去。小咕發現環境已經面目全非，大吃了一驚，這個不適合就河童生存的地方根本就找不到夥伴。看到小咕難過，康一也不好受。他和小咕一起外出旅行，來到了還保存著河童傳說的遠野縣。兩人在美麗的大自然中找到了適合河童生活的地方，小咕愉快地在清澈的河裡遊了起來，康一也為它高興。可是，在這裡也怎麼都找不到其它河童。康一聽到村民們說“抓住一隻河童能得一千萬呢！”，趕忙帶著小咕離開了那裡。
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