在近未來的世界中,日本政府在東京沿岸設立了一個特別管制區,表面是做為經濟特區的實驗都市,但其實暗地在特區一所國際學校中,培養一批名為"UNDER THE DOG (敗犬)"的特殊暗殺部隊總共有七名被稱為"Flowers"的少男少女,他們各自擁有著常人所無法想像的特殊能力。替政府到世界各地執行暗殺的UNDER THE DOG,並沒有作戰以外的選項,隻要隊員想要逃走或自殺,軍方就會引爆設置在他們親友頭部的超小型炸彈,這群年輕人將抹殺掉所有感情,持續執行著隻許成功不許失敗
隱藏在每天交替時刻的狹縫中的時間,“影時間”每當影時間來臨,世界便停止運轉,人們化為靜立的棺木。之後,異形的怪物“Shadow”便現身破壞。能夠與之對抗的,只有能夠使用“Persona”這種特殊能力的人類。轉學到私立月光館學園的少年結城理覺醒了Persona的力量,之後被前輩桐條美鶴邀請加入“特別課外活動部”。在那裡聚集的,都是同樣擁有力量的Persona使用者。他們為了各自的目的追尋著影時間的真相,並與難以想像的命運展開了對峙ーー。繼第一章“Spring of Birth”、第二章“Midsummer